Zymo Research uvádí open-source bioinformatický kanál pro detekci variant SARS-CoV-2 v odpadní vodě

Brzké uvedení bioinformatického kanálu Virsieve™ podpoří spolupráci v environmentálním výzkumu SARS-CoV-2

Společnost Zymo Research zprostředkovala komunitě environmentální mikrobiologie zdrojový kód bioinformatického kanálu Virsieve™ Bioinformatics Pipeline, aby podpořila globální spolupráci a podporu detekce variant SARS-CoV-2 v odpadních vodách. Virsieve™ je automatizovaný výpočetní kanál, který analyzuje sekvenční čtení z viru SARS-CoV-2 ve vzorcích odpadních vod, aby lépe porozuměl virovým variantám přítomným ve sledovaných komunitách. Hodnocením intervalu spolehlivosti pozorovaných virových mutací má software potenciál významně zvýšit přesnost analýzy jakýchkoli změn virového genetického materiálu.

Podle center pro kontrolu a prevenci nemocí má nasazení očkovacích látek obrovský pozitivní dopad na omezení pandemie SARS-CoV-2 v USA, ale stále se objevují nové virové kmeny. Některé z těchto kmenů, např. B.1.1.7, jsou klasifikovány jako „znepokojující varianty" z důvodu zvýšeného šíření, patogenity nebo odolnosti proti vakcíně. Next-gen sekvenování odpadních vod se objevuje jako nejschůdnější řešení pro sledování komunity v téměř reálném čase.

Sekvenování virů z odpadních vod je obtížné kvůli fragmentaci a degradaci virové RNA, což často vede k chybám v sekvenování, které se nakonec projevují jako falešné mutace. VirSieve™ může identifikovat tyto falešné varianty a označit je jako málo spolehlivé či úplně nespolehlivé, což umožňuje výzkumníkům filtrovat mutace s vyšším stupněm podpory. Společnost Zymo Research také poskytuje DNA/RNA Shield™, což je činidlo, které chrání virovou RNA před další degradací po inaktivaci jakéhokoliv viru pro bezpečné shromažďování a přepravu vzorků odpadních vod při okolní teplotě.

„Společnost Zymo Research již dříve vyvinula veřejné softwarové nástroje, jako je Zymo Research Transmit Program, open-source klient pro odesílání výsledků testů COVID-19 prostřednictvím systému pro podávání zpráv o veřejném zdraví CalREDIE," uvedl Dr. Michael Weinstein, ředitel laboratorních informačních systémů a projektový vedoucí projektu Virsieve™ Pipeline ve společnosti Zymo Research. „Virsieve™ je součástí neustálého úsilí společnosti Zymo Research o maximální podporu celosvětových protipandemických snah. Domníváme se, že kanál Virasieve™ má pro budoucí úsilí v oblasti veřejného zdraví potenciál být využit nejen ke sledování variant kmenů viru SARS-CoV-2 v odpadních vodách, ale i jiných virů."

„Získání přesných variant z klinických vzorků nebo odpadních vod je klíčem k řádnému umístění virového kmene do kontextu všech ostatních virových variant a k podávání informací o průběhu trasování patogenů," sdělil Dr. Christopher Mason, placený mluvčí pro Zymo Research, spoluředitel kvantitativně-prediktivního institutu WorldQuant Institute for Quantitative Prediction a profesor fyziologie a biofyziky na Weill Cornell Medicine.

Další informace o Virsieve™ Pipeline najdete na stránkách Zymo Research nebo můžete společnost kontaktovat e-mailem na tech@zymoresearch.com.

O společnosti Zymo Research Corp.

Zymo Research je soukromá společnost, která od roku 1994 slouží vědecké a diagnostické komunitě špičkovými nástroji molekulární biologie. Jejím mottem, které se odráží ve všech jejích produktech od epigenetiky po DNA/RNA purifikační technologie, je: „Krása vědy tkví v její schopnosti zjednodušovat věci". Společnost Zymo Research, která je historicky uznávána jako přední společnost v oboru epigenetiky, překonává hranice díky novým řešením pro sběr vzorků, mikrobiomická měření, diagnostická zařízení a NGS technologie, které jsou vysoce kvalitní a snadno použitelné. Sledujte Zymo Research na Facebooku, LinkedIn, Twitteru, a Instagramu.

Další informace o produktech společnosti Zymo Research COVID-19 naleznete na následujících odkazech:

Foto - https://mma.prnewswire.com/media/1507133/Wastewater_PR_data_on_computer_2000x1111px.jpg

Logo - https://mma.prnewswire.com/media/364743/Zymo_Research_Corp_Logo.jpg

KONTAKT: Marketingové oddělení Zymo Research Corp., 949.679.1190, marketing@zymoresearch.com

Klíčová slova USA-počítače-zdraví-věda-firmy-Zymo Research

Oblast
USA, Kanada, OSN, svět a Arktida (us)

Kategorie
Zdravotnictví
Věda, vzdělávání a školství
IT, telekomunikace

ZASÍLÁNÍ ZPRÁV
Přihlásit k odběru

Upozornění:
Materiály označené značkou Protext nejsou součástí zpravodajského servisu ČTK a nelze je publikovat pod její značkou. Jde o komerční sdělení zadavatele, který je ve zprávě označen a který za ně nese plnou odpovědnost.